La Pathogen Genomics Initiative (Initiative de la génomique des agents pathogènes) d’Africa PGI a été lancée en octobre 2020 pour accélérer le séquençage du SARS-CoV-2 et pour soutenir l'adoption et la mise en œuvre de la génomique des agents pathogènes ainsi que de la bioinformatique dans les instituts nationaux de santé publique (INSP) de toute l'Afrique. L'initiative soutient une approche coordonnée visant à maximiser les avantages de la génomique des agents pathogènes pour une préparation, une prévention et une réponse plus efficaces aux épidémies, ainsi que pour le contrôle et l'élimination des maladies endémiques en Afrique. La vision d'Africa PGI est d'intégrer la génomique des agents pathogènes dans les systèmes de surveillance de routine de la santé publique pour une réponse rapide aux menaces de maladies infectieuses en Afrique grâce à l'accès à la technologie de la génomique des agents pathogènes, à l'expertise et au partage responsable et opportun des données.